Screening à haut débit par shRNA de cellules de mammifères en vidéo
L' ARN interférence (ARNi) est un mécanisme intrinsèque cellulaire qui permet la régulation de l'expression génique et peut être utilisé pour les études d'extinction de l'expression des gènes.
Il existe deux méthodes principales pour étudier ce phénomène. La première est l'utilisation de petits ARN interférents (siRNA) qui sont synthétisés chimiquement. La seconde utilise des ARN en « épingle à cheveux » (shRNA) clonés dans des plasmides. Ces derniers peuvent être directement transfectés dans les cellules cibles ou empaquetés dans des particules lentivirales. Les principaux avantages de l'utilisation de shRNA lentiviraux est lié à :
• Leur facilité d'introduction dans une grande variété de types de cellules;
• leur capacité à s'intégrer de façon stable dans le génome;
• leur efficacité dans les études de haut débit.
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Pour faciliter ces études à haut débit nous avons créé la librairie "LentiPlex Pooled shRNA Library" qui se caractérise par :
• La couverture de l'ensemble du génome humain;
• Plus de 75 000 shRNA de la collection TRC ciblant 15 000 gènes humains;
• Un format prêt à l'emploi ( titres lentiviraux d'au moins 5 x 10 8 TU / ml par dosage de p24);
• Pré-divisée en dix sous-pools d'environ 8000 shRNA;
• Des Amorces d'amplification et de séquençage sont également fournies pour l'identification
des cibles en aval.
Dans cette étude, nous montrons comment la librairie "LentiPlex Pooled shRNA Library" peut être utilisée pour une identification positive des gènes impliqués dans la cytotoxicité des cellules A549 lorsqu'ils sont exposés aux molécules TRAIL et Paclitaxel. Des études antérieures établissent une activité antitumorale synérgique de TRAIL lorsqu'il est combiné avec le paclitaxel dans les cellules A549, une lignée de poumon humain carcinome.
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