Amplifiez l'ARN total de vos échantillons précieux
Les évolutions technologiques et scientifiques récentes amènent de plus en plus de chercheurs à miniaturiser les expériences afin de pouvoir travailler sur des échantillons rares, tels que des biopsies, des tissus issus de coupes sous paraffine, ou encore des cellules primaires. Sigma propose des outils adaptés permettant de travailler sur ces petites quantités de matériel.
Le kit TransPlex Whole Transcriptome Amplification WTA2 permet une amplification de très petites quantités d'ARN total de l'ordre du nanogramme, approchant le niveau d'ARN de la cellule unique. Le protocole permet d'obtenir l'ARN amplifié en moins de 4 heures sans biais en 3'. Il a été optimisé pour l'amplification d'ARN extrait d'échantillons fixés en paraffine (FFPE) et l'amplification de tous les échantillons abimés ou dégradés. Les produits d'amplification sont utilisables pour des applications telles que la qPCR, les analyses en micro-arrays et le clonage. Une version récente du kit permet également l'analyse en NGS de la banque amplifiée.
La technologie TransPlex permet d'amplifier fidèlement l'ARN total grâce à l'utilisation d'un mélange unique d'oligonucléotides quasi-aléatoires pour assurer une couverture fidèle du transcriptome et une amplification rapide de l'ARN total. Le protocole se déroule en 2 étapes : • préparation d'une banque de cDNA Pour produire la banque de cDNA, l'échantillon d'ARN est incubé avec une réverse transcriptase et des oligonucléotides non complémentaires ayant une extrémité 3' quasi aléatoire et une extrémité 5' universelle. Les oligonucléotides qui s'hybrident à la matrice d'ARN sont allongés par la polymérase WTA et les simples brins néo-synthétisés deviennent de nouvelles matrices pour l'attachement et l'extension des oligonucléotides. Ce processus aboutit à la création d'une banque de cDNA Omniplex constituée de fragments aléatoires de 100 à 1000 bases, chacun de ces fragments ayant à ses extrémités des séquences universelles. Pour finir, la banque Omniplex est amplifiée grâce aux oligonucleotides universels pour produire des microgrammes de produits d'amplification. |
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