Édition du génome

Le développement récent de nouvelles technologies d’édition ciblée du génome a révolutionné les domaines de l’ingénierie du génome des cellules et de la transgénèse. Présentation croisée des deux technologies phares les plus pointues aujourd’hui.

L’édition du génome consiste à intervenir sur le patrimoine génétique d'un individu ou d'une espèce, à le « réécrire » pour étudier le fonctionnement des protéines. Le développement récent de nouvelles technologies d’édition ciblée du génome a révolutionné les domaines de l’ingénierie du génome des cellules et de la transgénèse. Les technologies ZFNs et CRISPRs apparaissent aujourd’hui comme les technologies les plus en pointes car elles offrent de nombreux avantages.

Caractéristiques et avantages des ZFNs et des CRISPRs :

• Elles permettent de construire des lignées cellulaires stables modifiées : knockout, fusion de gènes, mutation ponctuelle, remplacement de gènes. • Elles ont permis la construction de nouveaux modèles animaux transgéniques. • Les mutations sont permanentes et transmissibles • Les gènes de sélection ne sont plus nécessaires • Elles fonctionnent dans un très grand nombre de lignées cellulaires et in vivo.

Comparaison des CompoZr ZFNs et des CRISPRs :

CompoZr ZFN CRISPR/Cas9 Efficacité validée sur lignée cellulaire : nous recommandons le format CompoZr ZFN validé. Nous construisons et testons plusieurs paires de ZFN sur lignée cellulaire et nous vous envoyons la plus efficace Effets off-target généralement non détectés dans les régions d’homologie en raison de : la dimérisation de l’enzyme FokI du format hétérodimères obligatoire, de la longueur de la séquence cible (30 à 36 bases versus 20 à 23 pour les CRISPRs) d’un design très sélectif Existent en format ARNm Protocoles de thérapie génique menés par la société Sangamo Biosciences Non validé mais de ce fait production plus rapide et moins onéreuse Effets off-target plus importants que ceux des CompoZr ZFNs du fait : du format non dimérique de la longueur de la séquence cible (environ 20 bases) Nous recommandons donc d’utiliser 3 à 4 CRISPRs pour tester leur efficacité et valider la spécificité des effets observés Multiplexage possible Possibilité de générer des banques de CRISPR pour le haut débit

Pour plus d’informations : http://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai.html

Nouveaux produits :

• Plasmides ZFN fluorescents (GFP et RFP) pour une visualisation rapide de la transfection.
• FAST-ZFNs : 4 ZFNs non validés pour une livraison plus rapide

Les nouveautés attendues en 2014 et les produits en développement :

• Lentivirus non intégratifs pour la transduction des ZFNs et des CRISPRs dans les cellules difficiles à transfecter et les cellules qui ne se divisent pas.
• Les CRISPRs en format ARNm
• Zinc Finger Protein-Transcription Factors (ZFP-TFs) : pour l’activation de la transcription des gènes, les domaines d’activation incluent notamment NF-κB(p65), VP16, VP64…
• HiFi-CRISPR pour une diminution des effets off-target
• CRISPRi avec une nucléase Cas9 inactivée pour une répression de la transcription par blocage de l’ARN polymérase.

Vous souhaitez organiser un séminaire sur l’édition de gènes dans votre laboratoire ? Contacter Nadia Guettari à l’adresse : nadia.guettari@sial.com

 

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